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利用NanotubeModeler构建各种碳材料的坐标,如单壁(多壁)碳纳米管,石墨烯,富勒烯。
选择碳材料的类型,如下图中的碳管,输入手性,长度,层数等,就可以得到3D碳管模型了。
PS:也可以画BN管,BN二维材料等等。
又如:石墨烯
富勒烯:
数据库里面包含了很多种富勒烯,可以自由选择。如我选择了个很大的C.
数据库里面包含了很多种富勒烯,可以自由选择。如我选择了个很大的C.
2.输出模型的坐标。
如我选择输出(6,5)碳管的坐标,mol格式。
会询问单键还是双键,选择单键。
再保存一个富勒烯的模型,如C60。以及一个窄的石墨烯带。
3.用chembio3D打开刚刚保存的碳管文件,发现碳原子上面连有氢键,这是因为我们保存坐标的时候,碳之间的键保存成了单键,需要氢键使模型稳定。这个没关系,只需要选择不显示氢键。
先选择所有的氢原子,然后隐藏。或者直接选择空白的地方鼠标右键,选择隐藏氢原子。
效果如下:
4.导入石墨烯和C60,同样隐藏氢原子。
也可以选择某些原子,改一下颜色。
也可以选择某个原子,调节其位置。如下图石墨烯中的蓝色C原子。
首先利用像箭头的那个工具选中这个原子,然后用第三个工具扭转图像,最后利用第五个工具改变目标原子的位置。(这在画石墨烯缺陷,掺杂或者被氧化等示意图的时候很有用,你也可以改变原子为O或者增加原子,等等。)
选中之后右键,可以改变原子的大小。
还可以选中原子后,右键,选择模型的显示方式,如球棍模型或者其他几种。
如,我选了wireframe之后的碳管:
Spacefilling之后的C60。
也可以在碳管中填充你要的分子,或者Graphenenanoribbons等等。只需要改变他们的位置关系。
如下图,我再复制一个C60,然后放入(10,10)碳管中。
在另一个角度改变C60的位置。换个颜色。
假如给碳管换个别的显示模式,可以突出填充的C60。
还可以自己制作动态图,让你画的图围绕某个轴旋转
自己调整图像到某个角度之后,再选择保存,你会看到,即使都选择围绕着Y轴转动,其实每次都不一样
就到这里吧。自己多练习,就一定能画出漂亮的示意图!
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